El plantel empezó labores a partir de 1942, tomando inicialmente el nombre de "San Roque". La fundación estuvo a cargo del Reverendo padre Fray Mario Urrea, quien se desempeñó como Rector, sin embargo, por sus múltiples ocupaciones, delegó en el cargo de Director al señor Hernán Correa, quien lo dirigió hasta 1945.

Fue precisamente al año siguiente de su fundación, cuando se le cambió el nombre por el que actualmente lleva: FRANCISCANO JIMÉNEZ DE CISNEROS, en honor al ilustre Cardenal Francisco Jiménez de Cisneros. Durante los 70 años de vida del claustro, lo han dirigido 23 Rectores, quienes han desarrollado una brillante gestión religiosa y administrativa.

En el año 2008 el Colegio FRANCISCANO JIMÉNEZ DE CISNEROS, recibió el 26 de Junio la certificación ISO 9001-2000 SC5429-1 y recertificado en junio de 2011 nuevamente con ISO 9001-2008 SC5429-1, convirtiéndose así en un reconocimiento de la calidad que se imparte en este claustro educativo.

Para el colegio es motivo de orgullo contar con un privilegiado grupo de exalumnos, quienes han ocupado cargos como: Gobernadores, Alcaldes, funcionarios a nivel nacional, Connotados Militares y reconocidos miembros del comercio y la sociedad Ibaguereña, Tolimense y Colombiana. Hasta el año 2011 el colegio ha proclamado cincuenta y uno promociones de Bachilleres.